Codigo Secreto mantém os elementos básicos de Codenames — dê pistas de uma palavra para tentar fazer alguém identificar seus agentes entre aqueles na mesa — mas agora vocês estão trabalhando juntos como uma equipe para encontrar todos os seus agentes. (Por que você ainda não sabe quem são seus agentes é uma questão que os investigadores do Congresso vão te encher o saco mais tarde!)
Para preparar o jogo, coloque 25 cartas de palavras em uma grade 5×5. Coloque uma carta-chave no suporte para que cada jogador veja um lado da carta. Cada jogador vê uma grade 5×5 na carta, com nove dos quadrados coloridos em verde (representando seus agentes) e três quadrados coloridos em preto (representando assassinos). Três dos nove quadrados de cada lado também são verdes do outro lado, um assassino é preto em ambos os lados, um é verde do outro lado e o outro é um espectador inocente do outro lado.
Coletivamente, você precisa revelar todos os quinze agentes — sem revelar um assassino — antes que o tempo acabe para vencer o jogo. Qualquer jogador pode decidir dar a primeira pista de uma palavra ao outro jogador, junto com um número. Quem receber a pista coloca um dedo em um cartão para identificar aquele agente. Se estiver correto, ele pode tentar identificar outro. Se identificar um espectador, seu tempo de adivinhação termina. Se identificar um assassino, vocês dois perdem! Ao contrário dos Códigos normais, eles podem continuar adivinhando enquanto continuarem identificando um agente a cada vez; isso é útil para voltar às pistas anteriores e encontrar aquelas que perderam antes. Depois que a primeira pista é dada, os jogadores se alternam dando pistas.